Wegen des begrenzten Platzes zwischen Prinzregentenufer und Nonnenbach mussten im Süden die Zugänge in den Bahnsteig integriert werden. Um die Bahnhofsbreite dennoch möglichst gering zu halten, wurden die Fest- und Fahrtreppen hintereinander angeordnet.

Der Bahnhof Wöhrder Wiese wurde zusammen mit der auf der Südseite anschließenden 77 Meter langen Weichenanlage als Rechteckquerschnitt in offener Bauweise errichtet. Da das Grundwasser nicht abgesenkt werden durfte, musste die Baugrube mit rückverankerten Spundwänden, die bis in den Keuperfels gerammt wurden, wasserdicht abgeschottet werden. Nonnenbach und Pegnitz wurden während der Bauzeit in Trogbrücken über die Baugrube geleitet (oberes s/w Foto links). Der vorhandene Baumbestand wurde soweit möglich erhalten. Es mussten allerdings die im Baugrubenbereich stehenden Bäume gefällt werden. Sie wurden jedoch bei der Neugestaltung dieser Fläche mit der Anlage eines Biotops nach einem landschaftspflegerischen Begleitplan durch Neuanpflanzungen ersetzt.

Zu Hochwasserzeiten im Frühjahr ist der Südeingang wegen seiner Nähe zum Ufer (unteres s/w Foto links) stark überflutungsgefährdet. Daher kommt es gelegentlich vor, dass der Südeingang zeitweilig gesperrt ist. Für diesen Zweck sind am Eingang auch Schienen in die Wand eingelassen, in die Glasplatten eingeführt werden können, um den Eingang "wasserfest" zu machen.